Introduction

La création d’une base de données bibliographique permet de retrouver facilement et rapidement des documents de référence. Il devient ainsi très facile de les citer lors de la rédaction de documents comme, par exemple, une thèse de doctorat. À cet effet, il existe de nombreux logiciels qui permettent de gérer les données bibliographiques dont plusieurs sont libres comme Zotero, Bibus et Jabref. Cet article montre comment synchroniser sa bibliographie Jabref sur différents ordinateurs en utilisant Grsync via le protocole SSH.

Jabref

Jabref

Fenêtre principale de Jabref.

Jabref est une interface graphique multiplateforme à BibTeX, un type de base de données bibliographique et un utilitaire pour la génération de références bibliographiques dans les documents LaTeX. Jabref permet d’importer facilement des données bibliographiques sous différents formats populaires ou encore directement à partir de base de données en ligne comme Pubmed et CiteSeer. Jabref permet également d’organiser ses références bibliographiques par des mots clés et d’y effectuer des recherches complexes par mots clés ou expressions régulières. Une autre chose très pratique que permet Jabref est d’accéder d’un seul clic aux textes, par exemple un article au format pdf, correspondant aux références bibliographiques. Enfin, il permet aussi l’exportation de références en plusieurs formats dont HTML et RTF. La figure ci-dessous montre une bibliographie générée par BibTeX et LaTeX à partir des données de Jabref.

Accéder à sa bibliographie à partir d’un autre ordinateur

L’une des limitations de Jabref est qu’il n’y a pas de moyens natifs d’accéder à sa base de données bibliographique à partir d’un autre ordinateur. Ceci peut devenir frustrant lorsque l’on ne travaille pas toujours sur le même ordinateur. L’une des méthodes pour pallier à ce problème est de garder une copie des fichiers sur un ordinateur distant accessible en tout temps par Internet [1]. Pour effectuer un transfert de fichier sur un ordinateur distant, le protocole SSH, est un moyen efficace, fiable et sécuritaire. De plus, il est disponible pour tous les systèmes d’exploitation et est même disponible par défaut sur Linux et Mac. Pour éviter de transférer complètement sa bibliographie ou de retenir les changements qui y ont été faits entre chacun des transferts, l’utilisation d’un logiciel de synchronisation comme rsync est fort pratique.

La synchronisation facile avec Grsync et rsync

Le logiciel rsync est installé par défaut sur Linux et Mac et est un logiciel en ligne de commande. Grsync est l’interface graphique simple qui permet d’utiliser rsync en quelques clics de souris. Après avoir ouvert Grsync, cliquer sur Ajouter pour créer une nouvelle session et donner lui un nom. Ensuite, entrer la source et la destination des fichiers. Pour le serveur SSH, la syntaxe est la suivante : utilisateur@serveur.com :/chemin/vers/repertoire/. Maintenant, aller sous l’onglet Options avancées et ajouter -e ssh dans la case Options additionnelles pour signaler que vous utiliserez le protocole SSH.

La configuration est maintenant terminée, vous pouvez cliquer sur Simulation pour voir les fichiers qui seront transférés avant de les transférer réellement en cliquant sur Exécuter. Après la première synchronisation, seuls les fichiers modifiés seront transférés.

Problème possible sous Mac

Il se peut que sous Mac, l’exécutable ssh-askpass ne soit pas installé, ce qui fait que Grsync ne vous demandera pas votre mot de passe pour vous connecter au serveur SSH. Si c’est le cas, télécharger ce fichier et copier-le dans le répertoire /usr/libexec et enlever l’extension .bin. Vous devez le rendre exécutable avec la commande suivante : sudo chmod +x /usr/libexec/ssh-askpass.

Rendre accessible sa bibliographie sur Internet

Page HTML

Un exemple de page HTML fait par Jabref

Si vous voulez accéder à votre bibliographie directement à partir de votre navigateur Internet, vous n’avez qu’à la synchroniser dans un répertoire accessible par Internet. Il est possible, avec Jabref, de faire des pages HTML très belles pour accéder à ses documents. Une grande variété de filtres d’exportation HTML sont disponibles sur le site de Mark Schenk.